Estimación presencia de Cetáceos (Ballenas, delfines y marsopas) en Aysén: del total de cetáceos actuales, en aguas chilenas, 40 especies pertenecientes a 8 familias y 25 géneros (Aguayo et. al. 1998), 14 han sido reportada para la región de Aysén. Estan la Ballena Franca, la Ballena Azul, la Ballena Fin, la Ballena Sei, la Ballena Minke, la Ballena Jorobada, la Marsopa espinosa, el Delfin Austral, el Delfin oscuro, el Delfin Liso, el Delfin Chileno, el Calderón de aleta larga, el Cachalote, y el Hiperodonte del Sur.
En Chile podemos encontrar 10 especies de lobos marinos y focas (Jefferson et al 1993). En las aguas de la XI región se han reportado 3 especies de lobos, el Lobo marino común, el Lobo fino austral, y el Lobo fino subantártico. En cuanto a las focas, hay 5 especies presentes en aguas chilenas; a excepción de la foca elefante, las demás habitan en el continente antártico por lo que la presencia de estas especies en la XI región es accidental.
En Chile existen 2 especies de nutrias, el “Chungungo” (Lontra felina) se distribuye desde la I a la XII regiones, mientras que el “Huillín” (Lontra provocax) lo hace desde la VI región hasta la XII región. (Sielfeld, 1983). Desde la VI región al sur, ambas especies poseen una distribución simpátrica, es decir, comparten el mismo territorio sin presentar alguna barrera geográfica entre las especies.
