Estudios para la creación de la AMP del Golfo de Corcovado han puesto en valor la presencia histórica de lobos marinos (Arctocephalus australis), nutrias (Lontra felina y Lontra provocax), ballenas azules, jorobadas y cachalotes (Balaenoptera musculus, Megaptera novaeangliae, Physeter macrocephalus).
El hallazgo de una población de ballenas azules en el sector de Chiloé, golfo de Corcovado y canales adyacentes (Hucke-Gaete et al. 2003; Hucke-Gaete 2004) destaca a esta zona como una de las más importantes a nivel Hemisférico para esta especie en Peligro de Extinción. La región ha sido clasificada como zona de gran interés dentro del proceso de definición de prioridades para la conservación marina en América Latina y el Caribe (Sullivan-Sealey y Bustamante, 1999).
