EL estudio de Faúndez-Báez, P. & E. Niklitschek (2006) “Gestión e Investigación para la Protección Oficial de un Sitio Prioritario Marino en la XI Región de Aysén”, (Informe final proyecto FPA CONAMA, Universidad Austral de Chile), entrega una síntesis de los conocimientos actuales de los mamíferos marinos del sector (basado en recopilación de datos bibliográficos y en observaciones de terreno).
Entre los principales objetos de conservación biológica asociados a los ecosistemas del Fiordo Piti Palena y Área Marina se encuentran numerosos mamíferos marinos:
La única especie de delfín endémico de Chile: el Delfín Chileno (Cephalorhynchus eutropia),
Delfín Austral (Lagenorhynchus australis) especie muy frecuente en el área
Una gran colonia de aproximadamente 600 Lobos Marinos Sudamericanos (Otaria flavescens)
Marsopa espinosa (Phocoena spinipinnis),
Orca (Orcinus orca),
Tursión (Tursiops truncatus)
Chungungo (Lontra felina)
Huillin (Lontra provocax), En los ríos que desembocan el interior del Fiordo
Ballena azul
Por otra parte, en mayo de 2007 se desarrolló la descripción y taxonomía de los principales grupos y comunidades bentónicas y estudios cuantitativos que permitan complementar la propuesta de zonificación del Plan de Manejo. Cuyo objetivo de investigación fue el bentos. Los grupos taxonómicos objetivo fueron: Porifera, Cnidaria, Polychaeta, Plathyhelminthes, Crustácea, Mollusca, Brachiopoda, Bryozoa, Echinodermata, Ascidiae.
Los investigadores según especialidad, y profesionales que participaron fueron: Gunter Försterra, Huinay (especialidad Cnidaria y comunidades bentónicas, además recolecta Porifera); Dr. Nicola Reiff (especialista en Polychaeta, además recolectara otros gusanos y Bryozoa), Colección estatal de Zoología, Munich, Katharina Jörger (estudiante de Doctorado con Mollusca, además recolectara Echinodermata y Brachiopoda), Colección estatal de Zoología, Munich, Roland Meyer (estudiante de Doctorado en Crustácea, además recolectará Ascidiae), Colección estatal de Zoología, Munich, Russell Smart, asistente científico de Huinay, Aruna, practicante de Huinay (transectos para estudios cuantitativos del bentos), Patricia Faúndez, Coordinadora actividades de terreno, apoyo en buceo científico, avistamiento de aves y mamíferos marinos. Ángela Morales, Estudiante tesista de Antropología, actividades Comunidad Local. Sebastián Riestra, profesional CONAMA XI Región de Aysén.
Las observaciones preliminares de los investigadores indican que existirían diferencias entre las comunidades bentónicas existentes en la zona interior del Fiordo Piti Palena (Estación de Muestreo Brazo Pillán), el Sector central del fiordo (Ensenada de las Islas) y el área marina adyacente (Islas Hermanas). Comparativamente, la zona de mayor diversidad se encontraría en las Islas Hermanas. Hay indicios que podrían existir especies y comunidades nuevas para la ciencia.
